Muzium ini telah dicipta pada tahun 1987 oleh Syarikat Boneka São Lourenço yang didedikasikan untuk merealisasikan pertunjukan perjalanan di seluruh negara dan orang asing.

Oleh itu, ia dicipta sebagai ruang Portugis pertama yang didedikasikan untuk boneka, dari kepupusan Teater Bairro Alto pada tahun 1755, meneruskan tradisi teater dan opera Portugis.

Kewujudan tradisi teater dan opera boneka Portugis, sangat penting dalam sejarah teater Eropah, diwakili oleh himpunan sejarah opera untuk boneka António José da Silva, Yahudi, dan himpunan popular banyak syarikat jalanan dalang yang selama berabad-abad mengembara ke negara ini.

Persatuan St. Lawrence, yang diasaskan oleh José Alberto Gil, pemuzik, dan Helena Vaz, dalang dan artis, dibangkitkan sebagai hasil daripada kegiatannya, beberapa salinan boneka yang membentuk teras awal muzium.

Kemerosotan harta benda dalam pengurusan swasta Muzium dan kekurangan sokongan atau subsidi institusi menyukarkan daya maju ekonomi dan penyelenggaraan projek yang, selama 13 tahun, Lisbon mewakili dalam litar antarabangsa boneka.

Kepentingan koleksi dan hakikat bahawa ia adalah satu-satunya muzium seumpamanya di Portugal membawa kepada pemeteraian perjanjian antara pemilik koleksi asal dan Majlis Bandaraya Lisbon, melalui syarikat perbandaran EGEAC, yang membenarkan penyelenggaraan muzium ini dan pemindahannya pada tahun 2001 ke ruang yang membolehkan keseronokan awamnya dalam keadaan maruah yang sepatutnya.

Pada 2007/2008, Muzium Boneka telah menjalani kerja-kerja pemulihan dan pembesaran di bawah permohonan untuk Program POC-Kebudayaan operasi, yang membenarkan penciptaan keadaan yang sesuai untuk pameran dan pertunjukan, pengembangan litar pameran tetap, pemasangan stor di ruang baru, lebih besar dan lebih sesuai untuk penerimaan pengunjung.